Американските центрове за контрол и профилактика на заболяванията, CDC, стартираха консорциум за стартиране на национална мрежа от лаборатории за секвениране, която ще ускори пускането на данните за последователността на SARS-CoV-2 в публичното пространство. Бързото освобождаване на отворени данни за коронавирусна последователност ще ви помогне да насочите Covid-19 отговор на общественото здраве, стимулиране на иновациите и откритията и по-нататъшното разбиране на тази и бъдещите пандемии.
Това SARS-CoV-2 Последователност за спешно реагиране, епидемиология и наблюдение на общественото здраве (SPHERES) консорциум, което значително ще разшири използването на секвениране на целия геном (WGS) на вируса COVID-19. SPHERES ще предоставя последователни данни за последователността в реално време на екипите за реагиране на общественото здраве, разследващи случаи и клъстери на COVID-19 в цялата страна.
Този нов консорциум ще им помогне да разберат по-добре как се разпространява вирусът, както на национално ниво, така и в техните местни общности. По-добрите данни от своя страна ще помогнат на служителите в областта на общественото здраве да прекъснат веригите на предаване, да предотвратят нови случаи на заболяване и да защитят и спасят живота.
„САЩ са световен лидер в напредналото бързо секвениране на генома. Това координирано усилие в нашите публични, частни, клинични и академични лаборатории за обществено здраве ще играе жизненоважна роля за разбирането на предаването, развитието и лечението на ТОРС-CoV-2. Убеден съм, че нашите най-добри, най-квалифицирани умове работят заедно, за да ни помогнат да спасим живота днес и утре ”, каза директорът на CDC Робърт Редфийлд
Проследяване на вируса COVID-19 при неговото развитие
Данните за геномната последователност могат да дадат безпрецедентна представа за биологията на SARS-CoV-2, вирусът, който причинява COVID-19, и да помогнат за определяне на променящия се пейзаж на пандемията. Чрез секвениране на вируси от САЩ, CDC и други органи за обществено здравеопазване могат да наблюдават важни промени във вируса и да използват тази информация за насочване на проследяването на контакти, усилията за смекчаване на общественото здраве и стратегиите за контрол на инфекциите.
Консорциумът SPHERES е амбициозно усилие да координира последователността на генома на SARS-CoV-2 на национално ниво, организирайки десетки по-малки индивидуални усилия в единна, разпределена мрежа от лаборатории, институции и корпорации. Консорциумът съчетава експертизата, технологията и ресурсите на 40 държавни и местни отдели за обществено здраве, няколко големи клинични лаборатории и над две дузини сътрудничещи институции във федералното правителство, академичните среди и частния сектор.
SPHERES ще установи най-добри практики и консенсусни стандарти за данни, ще ускори споделянето на отворени данни и ще създаде пул от ресурси и експертни познания, които да помогнат за внедряването на авангардни технологии в националния отговор на COVID-19.
Данните на SPHERES са отворени, споделени
Членовете на консорциума споделят ангажимент за бързо споделяне на отворена последователност. Те планират да представят всички полезни данни за последователността в публични хранилища в Националния център за биотехнологична информация на Националната медицинска библиотека (NLM / NCBI), Глобалната инициатива за споделяне на данни за птичия грип (GISAID) и други публични хранилища за последователност. Това ще помогне да се гарантира, че данните за вирусна последователност от всички Съединени щати са бързо достъпни за вземане на решения за общественото здраве и свободно достъпни за изследователите навсякъде.
Членовете на консорциума включват:
Федерални агенции и лаборатории
Центрове за контрол и профилактика на заболяванията, Служба за модерни молекулярни открития
Националната лаборатория Аргон
Агенция за отбранително здраве, Глобална инфекциозна Болест наблюдение
Храните и лекарствата
Лорънс Бъркли Национална лаборатория
Национална лаборатория в Лос Аламос
Национален институт по алергия и инфекциозни болести, Служба по геномика и модерни технологии
Национален институт за стандарти и технологии
Национален център за биотехнологична информация на Националната медицинска библиотека
Валтер Рийд армия Институт за изследвания
Държавни / местни лаборатории за обществено здраве
Аризона
Калифорния
Делауеър
Окръг Колумбия
Флорида
Хавай
Мейн
Мериленд
Масачузетс
Мичиган
Минесота
Северна Каролина
Северна Дакота
Невада
Ню Мексико
Ню Йорк
Юта
Вирджиния
Вашингтон
Уисконсин
Уайоминг
Академични институции
Университетът Бейлър
Cornell University
Изследователски център за рак на Фред Хатчинсън
Медицинско училище на планината Синай
New York University
Университет на Северна Аризона
Университет в Бъфало
Университета на Калифорния, Бъркли
Университета на Калифорния, Дейвис
Университета на Калифорния в Ървайн
Калифорнийски университет, Лос Анджелис
Университета на Калифорния, Сан Франциско
Университета на Калифорния, Санта Круз
Университета в Чикаго
Университета на Мериленд
Университета на Минесота
Университета на Небраска
Университета на Ню Мексико
Университет във Вашингтон
Университет "Йейл"
Корпорациите
Abbott Diagnostics
биоМерио
Цветна геномика
Ginko Bioworks
ID от ДНК
В-Q-Тел
LabCorp
Един кодекс
Oxford Nanopore Technologies
Тихоокеански биологични науки
Qiagen
Диагностика на търсенето
Истински науки за живота
Имената на корпорациите се предоставят само с информационна цел и включването им тук не представлява одобрение на корпорациите или някой от техните търговски продукти или услуги от американските центрове за контрол и превенция на заболяванията.
Нестопански организации за обществено здраве или изследователски институти
Асоциация на лабораториите за обществено здраве
Бил и Мелинда Гейтс фондация
Широк институт
Чан Зукърбърг BioHub
Институт Крейг Вентър
Алианс за обществено здраве за геномна епидемиология
Изследване на Scripps
Лабораторията на Джаксън
Изследователски институт за транслационна геномика - Север
Фондация Уолдър
През последните шест години програмата на CDC за разширено молекулярно откриване инвестира във федерални и щатни лаборатории за обществено здраве, за да разшири използването на геномиката на патогени и други модерни лабораторни технологии за наблюдение на инфекциозни заболявания и реакция на огнища. Настоящата инвестиция на консорциума има за цел да спаси човешки живот в пандемията SARS-CoV-2 и да подготви САЩ и света за бъдеща реакция на пандемия.
За да научите повече за геномното секвениране или работата на CDC в усъвършенстваното молекулярно откриване, посетете https://www.cdc.gov/amd/
